天河二号采用了VPN安全连接和SSH登录方式，确保用户数据的安全传输和访问控制。天河二号的云平台还提供了多层次、全方位的安全防护，包括身份认证、防火墙、用户行为控制和数据传输加密等。这些措施确保了云服务的安全性，并支持基于角色的用户权限管理，进一步增强了数据隔离能力。
天河二号还依托国防科技大学建立了可靠的信息安全管理体系，相较于其他商业机构更具公信力，用户的数据安全更有保障。天河二号的云平台KylinCloud经过大量定制和优化，与国内著名安全系统解决方案提供商合作，对系统安全、平台安全和虚拟机安全进行了全方位的增强。
天河二号的硬件设施也配备了多重安防措施，例如水、电、消防和空调的密切监控，确保了系统的物理安全。天河二号的网络安全由专门团队负责，采用硬件和软件相结合的方法来保障系统的安全运行。
天河二号服务器在数据传输、用户访问、物理环境和网络安全等方面都采取了严格的安全措施，整体安全性较高。
